"El profundo interés de la Iglesia por la Universidad se remonta a los mismos orígenes de la institución, más aún su nacimiento resulta incomprensible históricamente si se prescinde de la mediación de la Iglesia. En efecto, "la Universidad es, en su mismo origen, una de las expresiones más significativas de la solicitud pastoral de la Iglesia. Su nacimiento está vinculado al desarrollo de escuelas establecidas en el medievo por los obispos de grandes sedes episcopales. Si las vicisitudes de la historia condujeron a la "universitas magistrorum et Scholarium" a ser cada vez más autónoma, la Iglesia continúa igualmente manteniendo aquel celo que dio origen a la institución" (Orientaciones de Pastoral Universitaria en el ámbito de la Pastoral de la cultura, Introd. n. 4)

El Departamento de Pastoral Universitaria fue creado por la Subcomisión Episcopal de Universidades (CEE) el 12 de noviembre de 1981 para que "coordinara y promoviera la Pastoral Universitaria en España". Su primer director fue el P. Gonzalo Tejerina, quien, a su vez, preparó el primer Encuentro de responsables de Pastoral Universitaria, que tuvo lugar del 23 al 24 de abril de 1982. Desde entonces, se han celebrado ya 14 Encuentros y la mayoría de las Diócesis dispone hoy de Delegación de Pastoral Universitaria.

En Septiembre de 1995, la Subcomisión Episcopal de Universidades hizo público un importante Documento titulado:"Orientaciones de Pastoral Universitaria en el ámbito de la Pastoral de la Cultura".

La actual acción pastoral en el campo de la Universidad y de la cultura universitaria, sabiéndose ubicada en el ámbito de la Pastoral de la Cultura, como parte de la misma, se entiende a sí misma destinada tanto a "discentes" como a "docentes", cada uno en su especificidad. La celebración del Jubileo del 2000 en Roma ha querido destacar el papel relevante del Profesor universitario y del investigador católico en el ámbito de la ciencia. La creación de pensamiento desde la racionalidad cristiana es hoy un reto a los intelectuales católicos de España. Se trata de la aportación cristiana a la creación de un nuevo humanismo que tenga en cuenta la dimensión trascendente del hombre.